因疫情影響，今年臺南市議會曾停會兩月，而後以「為避免排擠到年度總預算案審查」為由，經黨團協商決議重啟議程。

但10月28日預算審查會議首日即流會，至12月1日定期會結束共流會五次，後又因預算僅審查三分之一，議會定於12月13日召開第10次臨時會，但共八天的臨時會期程又流會四次，議長郭信良表示待政黨協商後再議。

極端氣候導致台灣旱澇不均，2021年4月，臺南實施減壓供水、台南地區第一期稻作亦停灌，於此同時工業用水影響甚微，僅以工業用水戶節水7%，非工業用水戶節水10%，不急需之用水減供10%應對。

市府亦推出包括抗旱水井、載水車、自來水臨時供水點、大型濾水設施等措施，但未來如何協調民生、農業與工業用水已成首要課題。

歷經十年，影響323家住戶權益的台南鐵路東移案，最後迫遷戶、位於北區開元陸橋旁的黃春香家被列為半拆戶，提出「保留樓梯」希望維持居住功能。在8月20日由交通部鐵道局中部工程處第三度執行強制拆除。黃春香要求保存樓梯的訴求落空，目前建物半拆仍存，遭拆除處以鐵皮封閉。抗爭過後，黃春香及聲援者遭警方指控違反集會遊行法。

學甲區農地填埋爐碴案 2015 年爆發，鄰近案址的另處農田則在 2019 年遭民眾舉發也被掩埋爐碴，2020年9月時由台南市府要求業者應於期限內完成清理作業。

歷經數月清運作業後，南市環保局於2021年2月發佈新聞稿，說明土壤檢驗結果以及爐碴粒料清理過程的監督情況，並表示「土壤採樣檢測結果遠低於土壤監測標準」，認定該案已改善完成。

在中央再生能源政策、能源業者可預期獲利、等因素下，台南地面型光電案場持續推展。其中橫跨七股區與將軍區的台電台南「鹽田太陽光電場」3月啟用，預計每年產出2.07億度綠電；雲豹能源、恩富資本在「北門區老虎案三光太陽光電場」預估平均年發電量有1.8億度，也於11月正式動工。

然而地面型光電建置也屢有爭議，一方面政府清查插手工程獲利的「綠電蟑螂」，被謠傳介入的議長郭信良「共同揪出綠電蟑螂、要求檢調介入調查」新聞稿以示自清。另一方面，如北門區的「蘆竹溝光電案」遭受當地居民長期反對，議會於9月也要求市府進行專案報告，未達開發共識之處仍待協商。

台南市4月推出「透明垃圾袋／禁用不透明垃圾袋」政策，希望減輕垃圾掩埋負擔和落實資源回收。原計7月1日起實施，卻引發基層反彈、認為政策上路過於倉促，後宣布延至10月1日開始、勸導期3個月；然而，10月時環保局表示考量到疫情期間政策宣導不易，再度宣布該政策將延後實施並持續宣導。

台南轉型正義議題「湯德章故居」及「孫文銅像」皆引發大眾熱議和爭論。

湯德章故居於去年五月由公民成功發起募資搶救保留，於今(2021)年3月以紀念館形式重新對外開放；該建物經文資審議決議不具文資身分後引起爭議，文資處表示若中央修法、可望重新啟動審議程序。而原置於湯德章紀念公園的孫文銅像於2014年遭人拉倒後，歷經多年討論，南市府決定今年11月於台南公園重新豎立，卻引發反彈及爭論，市長黃偉哲表示在未取得共識前不會重豎。

5月中旬台灣本土COVID-19疫情爆發，全國陸續進入三級警戒；台南市府隨即因應疫情變化、持續滾動調整防疫政策，包括：推出線上公版教學課程、媒合計程車業者與商圈餐廳異業合作、家戶聯防獎金制度（推出後惹議，遂改為里辦公室工作津貼）、成立全國首個地方政府COVID檢驗中心、開放四大特色接種站等措施。雖有少數確診案例以及一例疫苗誤打案例，但整體而言台南疫情控制得當。

台南在南科園區發展、國際熱錢流入等影響下，房價持續攀升。據內政部住宅價格指數資料顯示，台南市近5年來住宅價格指數上漲18.85%，高於全國漲幅9.85%，並高居六都第一，對此市長黃偉哲指示地政局加強稽查打炒房。歸仁區與仁德區各有預售屋開賣引來民眾大排長龍的情事，中央後續禁出「預售屋合約禁止轉售」政策。

台南市政府市政會議9/24日通過「台南市房屋稅徵收率自治條例」修正草案，將非自住房屋稅率從1.5%提高到2.4%及3.6%，以抑制炒房。台南市議會11/30三讀通過「台南市房屋稅徵收率自治條例」修正草案政黨協商版本，提高非自住房屋稅率，明年7月1日起施行。

以「台南宜居城」作為發展構想的台南市國土計畫，經內政部核定後於今年4月30日公告實施；計畫內容同時涉及農地維護、國土保育及城鄉發展等議題，將作為未來台南空間發展的指導。目前國土計畫已完成第二階段，未來會繼續進行國土功能分區圖繪製作業，且依法應於2025年4月30日完成公告，屆時國土計畫法將全面上路。